El bonsái comienza a formarse cuando la planta puede resistir ciertas operaciones, y esta etapa difiere según el tipo de árbol que trabajemos. En plantas provenientes de semilla, injerto o esqueje, se considera que están lo bastante fuertes cuando tienen brotes nuevos de 5-6cm de largo. En árboles provenientes del bosque, se colocan en bandejas luego de dos años y pueden trabajarse cuando están adaptados a su nueva locación.
Hay dos clases de poda, la de formación o drástica, y la de mantenimiento. 
La poda de formación consiste en eliminar las ramas que no sean necesarias o resulten antiestéticas, y está destinada a modificar el crecimiento de la planta por distintos motivos: -controlar el crecimiento, ya sea estimulándolo o reteniéndolo. -orientar el crecimiento. -controlar la floración. -mantener la planta saludable, eliminando ramas muertas, estropeadas o enfermas.
Para podar bonsáis debemos conocer bien las partes del árbol para operar de manera eficiente. Las yemas terminales o apicales, son las responsables del crecimiento en longitud y están ubicadas en los extremos de las ramas y tallos. Debajo de estas yemas, están las yemas laterales o auxiliares, que se distribuyen de manera característica en cada especie, ya sea de forma alterna, opuesta o en espiral.
También están las yemas latentes, que permanecen en espera, y pueden activarse luego de una poda.
Durante la estación de crecimiento, la mayor parte de la energía de la planta es aprovechada por las yemas terminales. Por tanto, si eliminamos las yemas terminales, estimulamos el crecimiento de las yemas laterales y las ramas cesan de crecer en longitud.
El grado de dominancia de las yemas apicales difiere según la especie y según las estaciones. Es común que los árboles tengan mayor dominancia apical durante sus primeros años de vida, para los arbustos, la dominancia apical es menor.
Consejos para podar bonsáis:
La poda principal es la de formación y se realiza por única vez, salvo que accidentes o enfermedades alteren la forma básica del árbol. Posteriormente se realizarán únicamente podas de mantenimiento.
No es necesario podar de forma drástica cuando se cultivan desde pequeños para este propósito, pues se van formando poco a poco con recortes ligeros anuales.
Debemos estudiar la forma del árbol antes de podar bonsáis, deben poseer muchas ramas, con las inferiores más largas que las superiores. Debe controlarse que las ramas superiores crezcan más delgadas y cortas que las inferiores.
Debe eliminarse una de las ramas, cuando crecen en paralelo del mismo lado del árbol. También se eliminarán las que crezcan directamente hacia arriba, al igual que las que crecen hacia abajo, ya que interfieren con las ramas inferiores. Cuando se entrecruzan dos ramas, se elimina una de ellas o se coloca un alambrado para corregir su dirección.
Las ramas simétricas en dirección opuesta no quedan bien, por tanto se elimina una de ellas. Eliminaremos las ramas que crezcan hacia adentro.
Los cortes en las ramas se hacen sobre una yema bien orientada y sana, con una inclinación de 45º, en sentido opuesto a la yema.
Cuando se elimina una rama, debemos cortar al ras y quitar parte de la madera, para que el tronco quede con forma cóncava donde estaba la rama, si no es posible, se deja plano.
Cuando se corta una rama gruesa, dejaremos un trozo de corteza de la misma para cubrir el sitio donde se emplazaba la rama a modo de protección.